مشکلات موجود دراصلاح مرکبات
اصلاح مرکبات از طریق گزینش ژنوتیپ‌های مورد نظر از بین افراد یک جمعیت، روشی بسیار قدیمی است. برای اولین بار سوئینگل و وبر (Webber) در سال ۱۸۹۳ میلادی اصلاح روشمند مرکبات را اغاز کردند و از آن تاریخ به بعد در بسیاری از مراکز تحقیقاتی جهان از این شیوه استفاده شده است. مشکلات عمده‌ای را که در فرآیند اصلاح مرکبات وجود دارد، عبارتند از:
الف- هتروزیگوسیتی: بسیاری زا گیاهان جنس Citrus و گونه‌های وابسته، به صورت طبیعی در اغلب صفات خود تا حد زیادی هتروزیگوسیتی دارند و به همین دلیل دورگهای ایجاد شده در نسل اول دچار تفرق صفات شدیدی می‌شوند؛
ب - توارث کمی: در اغلب صفاتی که اهمیت اقتصادی دارند، به ندرت می‌شود توارث تک‌ژنی دیده می‌شود، لذا مطالعات توارث صفات کار ساده‌ای نیست. علاوه بر این انتقال چنین صفاتی به سایر ارقام نیز مشکل است؛
ج- چندجنینی: اغلب گونه‌های مرکبات دارای بذرهای چند جنین اند و تشخیصی نهال‌های بذری جنسی و رویشی در مراحل اولیه‌ی رشد نتاج دورگو حاصل از تلاقی مشکل است. با وجود این، در حال حاضر تکنیک‌های بسیاری مانند نشانگرهای ایزوزایم و مولکولی وجود دارند که به تشخیص اولیه‌ی نهال‌های بذری جنسی کمک می‌کنند؛
د - عقیمی گرده یا تخمک: بسیاری از ارقام دارای گرده یا تخمک‌های عقیم هستند. به همین دلیل استفاده از آنها در برنامه های اصلاحی مشکلی است؛
هـ- خود ناسازگاری و دگر ناسازگاری: تعداد قابل توجهی از ارقام مرکبات، خود ناسازگار یا دگر ناسازگارند و نمی‌توان از آنها در برنامه‌های اصلاحی استفاده کرد؛
و- نونهالی طولانی: وقتی از روش جنسی در تکثیر مرکبات استفاده بشود، نهال های بذری دوره‌ی نونهالی بسیار طولانی خواهند داشت و پس از طی ۱۰ تا ۱۵ سال شروع به باردهی می‌کنند. وجود چنین وضعیتی، فرآیند ارزیابی را به تأخیر می‌اندازد و موجب محدود شدن تعداد گیاهانی می‌شود که آمادگی لازم را برای ارزیابی مزرعه‌ای دارند؛ ز- طبیعت چند ساله: کار کردن با نهال‌های بذری در مزرعه و تولید نتاج حاصل از تلاقی برگشتی یا نسل‌های بالاتر از آن به خاطر چند ساله بودن مرکبات امری مشکل است،
ح- نیاز به فضایی بزرگ برای ارزیابی: چون درختان مرکبات جثه‌ی بزرگی دارند، برای ارزیابی نتاج، به فضای بزرگتری نیاز دارند و همین موضوع سبب می‌شود تا تعداد گیاهان کمتری مورد بررسی قرار گیرند.
به دلیل وجود همین مشکلات، اغلب ارقامی که امروزه در دسترس هستند حاصل برنامه‌های اصلاحی روشمند نیستند و تنها نتیجه‌ی گزینش از بین جهش‌های جوانهای، دانهال‌های تصادفی یا دورگهای طبیعی هستند. به عنوان مثال گریپ‌فروت‌هایی که گوشت صورتی و یا قرمز دارند، حاصل جهش های شاخهای پرتقال‌های معمولی به وجود آمدهاند. پرتقال تمپل (Temple) و نارنگی مورکات (Murcott) نیز
جوانهای گریپفروت های گوشت سفیدند. پرتقال های ناف دار احتمالاً از جهش های شاخهای پرتقال های معمولی به وجود آمدهاند. پرتقال تمپال و نارنگی مورکات نیز احتمالاً دورگهای طبیعی هستند. بسیاری از انواع زودرس‌تر نارنگی انشو و نیز بسیاری از سلکسیونهای نارنگی کلمانتین ناشی از جهش‌های طبیعی هستند.