یکنواختی پایه
برای فراهم کردن درختانی یکنواخت برای خزانه داران و باغداران باید توجه کافی به حفظ یکنواختی پایه صورت گیرد. ممکن است در بین پایه های همگروه گیاهان ناجور (غیر یکنواخت) به وجود بیایند. این مسأله در مورد بسترهای افکنه وجود دارد (۲۲)، اما با کشت در محیط آزمایشگاه نیز همیشه گیاهان یکنواختی تولید نمی شوند (۵۳). بعضی از گیاهان ناجور ممكن است موجب آسیب دیدگی پیوندک شوند، اما سایر آنها ممکن است بعداً مشکل ساز شوند. به عنوان مثال در مورد پایه 26.M سیب، بعضی از آنها دارای تعداد زیادی سرآغازه ریشه (خالجوش) بر روی قسمت هوایی ساقه هستند، در حالی که سایر آنها این مشکل را ندارند. خالجوش ها نامطلوب هستند، زیرا محل ورود آفات و بیمارها هستند. آنها همچنین موجب عدم یکنواختی درختان کاشته شده می شود، زیرا درختانی که دارای تعداد زیادی خالجوش هستند در مقایسه با درختانی که خالجوش کمتری دارند، رشد نامناسب تری دارند. پایه 9.M سیب یک نمونه دیگر از این پایه ها است. تا کنون زیر همگروه های مختلفی از پایه 9.M به وجود آمده اند که رفتار متفاوت در بستر افکنه و رشد درخت در مرحله بعد دارند. تعدادی از آنها پر رشد تر از حالت استاندارد و تعدادی از آنها رشد کمتری دارند. خوشبختانه مقایسه زیر همگروه های 9.M توجه افراد زیادی را به خود جلب کرده است. در واقع با توجه به تنوع پایه 9.M بهتر است باغداران از وضعیت رشد پایه 9.M که قصد خرید آن را دارند آگاهی داشته باشند.
تیمار دیگر که در مورد یکنواختی پایه ها در نظر گرفته می شود، آلودگی آنها به عوامل ویروسی است. لذا پایه ها نباید آلوده به ویروس یا فیتوپلاسما باشند. این مسأله همچنین برای ارقام پیوندی نیز صادق است. به طور کلی وجود این عوامل بیماریزا تاثیر منفی بر بسیاری از جنبه های رفتاری گیاه در خزانه و باغ دارد، هر چند شدت این قضیه بستگی به عامل : عوامل بیماریزای موجود و رقم پایه و پیوندک دارد. مواردی که تحت تأثیر این قضیه هستند از وضعیت بستر افکنه در خزانه پایه، تعداد جوانه گرفته شده و میزان رشد نهالها در خزانه تا رشد و باردهی درخت، اندازه میوه و کیفیت ظاهری میوه در باغ را شامل می شوند (۱۰، ۱۴، ۱۶، ۳۱، ۳۲، ۳۳، ۳۴، ۳۵، ۳6،۳7،39، 42، 44، 55، 60،67،68،) هر چند مشاهده شده است که در اقلیم های گرم، بعضی از ویروسهای خاص همیشه تأثیرات مخرب بر رفتار درختان گلابی ندارند (۱۹، ۶۱)، اما در مجموع بهترین روش، عاری بودن پایه ها از ویروسها و عوامل بیماریزای مشابه آنها می باشد. در بعضی از درختان وجود ویروس حتی مکن است موجب توقف رشد یا مرگ درخت شود (۱۱، ۱۳). این مسأله به ویژه در مورد گونه های هسته دار صادق است (۶۹). تلاش های زیادی برای پاکسازی مواد گیاهی (پیوندک و پایه) از ویروسها صورت گرفته است (۱، ۱۲، ۳۸،46،47، 58 )، هنگامی که مواد گیاهی عاری از ویروس هستند، می توانند منبعی برای گسترش پایه ها و پیوندک ها در خزانه ها و برای باغداران شوند، اما وضعیت عاری از ویروس بودن باید به طور منظم کنترل شود. این کار با استفاده از تستهای مختلف آزمایشگاهی و در گلخانه تحقیقاتی و در مزرعه با کمک گیاهان محک صورت می، گیرد (۲، ۴۹). گرما درمانی معروف ترین روش مورد استفاده برای به دست آوردن مواد گیاهی عاری از ویروس است. در مواردی از قبیل گیلاس که گرما درمانی کارایی ندارد، مشاهده شده است که ریز پیوندی در آزمایشگاه برای این منظور مفید می باشد (۱۵). این فعالیت ها موجب ثبت پایه های عاری از ویروس مانند پایه های مورد استفاده در سرویس بازرسی گلکاری و درختکاری هلند (NAKB) شده است، هدف NAKB کنترل کیفی و پیشرفت کار در زمینه پایه ها است. به منظور تعیین وضعیت سلامت پایه ها می توان مواد عاری از ویروس را با برچسب های خاص مشخص کرد.
در مورد بیشتر میوه های دانه دار، مشاهده شده است در صورتی که ماده گیاهی عاری از ویروس باشد دوام زیادی دارد. با این حال این مسأله برای بعضی فیتوپلاسماها از قبیل آنهایی که موجب زوال گلابی می شوند صادق نیست. در این موارد آلودگی در باغها کاملاً معمولی است، زیرا فیتوپلاسماها به راحتی توسط پسیل های گلابی در باغ منتشر می شوند. در مورد میوه های هسته دار نیز ممکن است ویروسها از طریق عواملی مانند انتقال دانه گرده در باغ منتشر می شوند. هنگامی که ویروس یا فیتوپلاسما به محل اتصال پایه و پیوند وارد می شود، ممکن است درخت یک واکنش ناگهانی به آن نشان دهد یا حتی از بین برود و این مسأله بستگی به میزان حساسیت دارد. لذا بهتر است پایه متحمل به این بیماری ها باشد تا چنین عکس العمل هایی بروز نکند.