قابلیت سازگاری بین پایه و پیوندک سیب
بیشتر پایه های معروف سیب متعلق به یک گونه رایج سیب Malus domestica)) هستند. احتمالاً به همین دلیل است که عدم سازگاری بین پایه وپیوندک به عنوان یک مشکل اساسی در نظر گرفته نشده است. اما هنگامی که سایر گونه های مالوس (سیب) به عنوان پایه سیب استفاده می شود ممکن است عدم سازگاری پایه و پیوندک ظاهر شود (۱۱۴، ۱۱۸). با این وجود هنگامی که پایه و پیوندک هر دو از سیب معمولی بوده اند، گزارش های محدودی در رابطه با عدم سازگاری آنها ارائه شده است. پیوند رقم و اینسپ (Winesap) روی پایه 7.M ترکیبی است که به دلیل ناسازگاری پایه و پیوندک توصیه نمی توصیه نمی شود پیوند رقم گرانی اسمیت (Granny Smith) بر روی پایه 26.M نیز توصیه نمی شود، اما استفاده از قیم و مدیریت مناسب درخت لازم نیست باغداران را از کاربرد این ترکیب پایه و پیوندک منصرف کرد (۱۶۰). ترکیب دیگری که استفاده از آن توصیه نمی شود، پیوند رقم جوناگلد (Jonagold) بر روی پایه 3.O است (۱۱). رقم الستار نیز در ترکیب با پایه های مختلف ممکن است به راحتی در خزانه از پایه جدا شود و گاهی این مسأله دیرتر و در زمان استقرار درخت در باغ ممکن است رخ دهد. با این حال با کمک قیم می توان رقم الستار رابا موفقیت بر روی شماری از پایه های پاکوتاه کشت کرد. در واقع از آنجایی که حمایت درخت با قیم روش متداولی است که در باغ های پیشرفته با پایه های پاکوتاه مورد استفاده قرار می گیرد، مشکل ضعف پیوند در بیشتر موارد همیت چندانی ندارد.
عدم سازگاری پیوند به صورت زوال نکروزه پیوند درخت سیب که در قسمتهایی از ایالات متحده آمریکا در مورد رقم رد دلیشز (Red delicious) روی پایه 106.MM رخ داد و عامل آن ویروس لکه حلقوی گوجه فرنگی بود، یک نمونه از دخالت عوامل ویروسی در ناسازگاری پیوند است (۲۳۳). در طی آزمایشی که در جنوب استرالیا صورت گرفت بسیاری از درختان رد فوجی روی پایه 3.O از بین رفتند و سایر درختان باقی مانده به دلیل وجود ویروس در پیوندک ضعیف ماندند. واضح است که پایه 3.O به این ویروس حساس است (۹۰). این قبیل مسائل را نمی توان به عنوان عدم سازگاری حقیقی در نظر گرفت. تورم محل پیوندک در مورد پایه 9.M رایج است، نشانه ناسازگاری نیست و یکی از ویژگی های این پایه است. پایه هایی که حتی پاکوتاه تر از 9.M هستند تورم مشابهی را از خود شان نداده اند (۱۱۸). عدم وجود مشکلات جدی در مورد ناسازگاری پایه و پیوندک و وجود طیف وسیعی از پایه ها موجب کاهش علاقه به توسعه ارقام خود ریشه سیب (ارقامی که روی ریشه های خودشان رشد می کنند.) شده است. دلیل دیگر وجود چند رقم سیب است که به صورت خود ریشه کشت شده اند و رشد بسیار زیاد آنها موجب عدم تناسب آنها برای باغ های متراکم سیب شده است (۱۰۱)، هر چند استثنائاتی در این زمینه از قبیل رقم گرین اسلیوز (Graralaavaa) نیز وجود دارد (۲۰۶).